總磷超標的處理方法常根據磷的來源進行去除。污水中的磷部分來源于化肥和農業廢棄物。同時，生活中含磷洗滌劑的大量使用也使生活污水中磷的含量顯著增加。

此外，化工、造紙、橡膠、染料和紡織印染、農藥、焦化、石油化工、發酵、醫藥與醫療及食品等行業排放的廢水常含有有機磷化合物。

現在部分污水處理廠總磷超標處理采用生物法，生物除磷中通過聚磷菌在厭氧狀態下釋放磷，在好氧狀態下過量地攝取磷。經過排放富磷剩余污泥而除磷，導致出水總磷超標的原因主要有：

(1)溫度

溫度對除磷效果的影響不如對生物脫氮過程的影響那么明顯，在一定溫度范圍內，溫度變化不是十分大時，生物除磷都能成功運行。

(2)pH值

在pH在6.5—8.0時，聚磷微生物的含磷量和吸磷率保持穩定，當pH值低于6.5時，吸磷率急劇下降。

(3)溶解氧

厭氧除磷要保持較低的溶解氧值以更利于厭氧菌的發酵產酸，進而使聚磷菌更好的釋磷，另外，較少的溶解氧更有利予減少易降解有機質的消耗。

好氧區需要較多的溶解氧，以更利于聚磷菌分解儲存的PHB類物質獲得能量來吸收污水中的溶解性磷酸鹽合成細胞聚磷。

(4)厭氧池硝態氮

每毫克硝酸鹽氮可消耗易生物降解的COD2.86mg，致使厭氧釋磷受到抑制，一般控制在1.5mg/l以下。

(5)泥齡

由于生物除磷系統主要通過排出剩余污泥實現除磷，因此剩余污泥量的多少決定系統的除磷效果，而泥齡長短對剩余污泥的排放量和污泥對磷的攝取作用有直接的影響。污泥齡越小，除磷效果越佳。

(6)COD/TP

污水生物除磷工藝中，厭氧段有機基質的種類、含量及微生物所需營養物質與污水中含磷的比值是影響除磷效果的重要因素。

上述因素的控制是出水總磷是否超標的關鍵，而由于生物除磷中存在脫氮過程，反硝化菌會抑制聚磷菌的吸磷和釋磷作用，導致除磷效果不好。

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